草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑...

在天下失序、列强割据的战乱时代，僧人祥庵将一名孤儿从中国带到了日本。孤儿名叫仔太郎，他背负着一个惊人的秘密。与祥庵失散后，孤苦无依的仔太郎带着爱犬飞丸前往赤池之国的万觉寺，在途中遇见了神秘剑士“无名”。仔太郎遭到追杀，危急时刻无名救了他一命。从此两人结伴同行。性格乖僻的浪人和紧闭心扉的少年虽然磕磕碰碰不断，但渐渐成了好朋友。白鸾率领的追杀组织还是抓住了仔太郎，他们开始着手筹备某种仪式。金发碧眼的剑...

因为父母被调往了海外就职，不想跟着出去的相泽佑一（杉田智和配音）寄宿到了阿姨水濑秋子和她女儿名雪家里。时隔七年，再次来到这个北国小镇的佑一本应有记忆点，可是真实的情况确是毫无记忆。在这个小镇，他邂逅了各色少女。有总是元气满满、迷糊的月宫亚由（堀江由衣配音）；有擅长料理喜爱猫咪的名雪（国府田麻理子配音）；有丧失掉记忆，总是对佑一纠缠不休的泽渡真琴（饭冢雅弓配音）；还有佑一身体不好安静的学妹美坂栞（佐...