一年一度的七夕即将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发生六起连环杀人案，被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于作案范围过大，各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组共同研究案情，毛利小五郎也被邀请参加，柯南则偷偷听取了会议的内容。会后，柯南无意中听到群马县警部山村操哼唱的童谣，继而发现有黑衣组织的成员混进警察中间。在一次围捕行动中，柯南遇到假扮人质的Vermouth，得知近期一连串的杀人案...

光和2年。世界以重组的超合众国为中心统一，讴歌着和平的日子。但和平却突然宣告结束。以面具男·零的身份随娜娜莉同行去难民营慰问的朱雀，被谜之KnightmareFrame打败，两人被带走了。奉修奈泽尔的密命潜入战士之国·吉尔克斯坦王国的卡莲、罗伊德、咲世子，遭到神秘的Geass使用者袭击。而被袭击者称作“前向主”的C.C.也在那里。以曾经连神圣布里塔尼亚帝国的大军都击溃过的无敌王国为舞台，人们所描绘...

总集篇剧情有改动承接明年2月复活新作世界最大的国家·神圣布里塔尼亚帝国终于与黑之骑士团展开冲突。这正是鲁路修=面具男ZERO的计策。但唯一超出计算之事，令鲁路修感到困惑。那就是妹妹娜娜莉。另一方面，第2皇子修奈泽尔与黑之骑士团接触。他向扇和藤堂等人揭露了动摇他们统治的ZERO的秘密。战乱进一步激化，吞噬着众人的愤怒与悲伤、执着与愿望。为了未来，现在应该去做什么？这就是零之镇魂曲。埋葬涂满憎恨的旧时...

以面具反叛者ZERO之身份增强反布里塔尼亚势力·黑色骑士团的鲁路修，与被任命为第3皇女尤菲米娅之骑士的朱雀。各自增强实力的两人，迎来了命运的转机。身为11区副总督的尤菲米娅，宣布了行政特区“日本”的成立。行政特区日本的实现，意味着黑色骑士团存在意义的消失。为了打破这一状况，鲁路修尝试与尤菲米娅会面。为了所要守护之物而做好的觉悟。GEASS的代价。一缕希望与悠久野望一同遭到翻弄，使悲剧逐渐加速——...