影片讲述已是生物研究员的安娜，为寻找十年前在科学考察神秘丛林任务中失踪的爷爷，找来爷爷的弟子谢博士与曾经爷爷同事的儿子李宇航组建团队，再次踏上那片神秘丛林，找寻线索。在原始森林中，探险队先后与史前猪鳄、变异巨蛛生死博弈，更是发现了仅存在传说中的神秘生物——大脚怪，正当大伙沉浸在喜悦之中，却不知更大的危险悄然而至.........

民国初年青年贺长生自幼跟随外祖父游走四方、行医救人，学习了不少本领，在外祖父去世后，便和发小儿胡一发一起闯荡上海，开了一家小医药馆，为百姓行医。直到一天，贺胡二人正在打理店铺之时，苗人打扮的女子阿蛮找上门，要求贺长生“父债子偿”，履行承诺。莫名其妙的贺长生与阿蛮发生争执。就在两人争执不下之时，一名名叫何仁坚的男子带着一队外国雇佣兵出现将医馆团团围困......

相传近几年海边有一片死亡区域，那里停放着成百上千艘有几层楼之高的幽冥船，路过这片区域的没人能活着回来。 而在这附近，有一座边陲小镇，每当夜幕降临的时候,魔鬼就会出没在小镇之中，所以镇上，早已人心惶惶。这一天，狄仁杰随父亲来到这里， 巧遇了捕快金燕子，后两人联手，通过层层抽丝剥茧，设法来到这片幽冥船上...